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Jmol

Jmol

Basisdaten

Entwickler Jmol Development Team
Aktuelle Version 16.1.59[1]
(26. Februar 2024)
Betriebssystem Plattformübergreifend
Programmier­sprache Java
Kategorie Molekulardesign
Lizenz GNU LGPL
deutschsprachig ja
jmol.sourceforge.net

Jmol ist ein Computerprogramm zur räumlichen Darstellung von Molekülen. Es steht unter der GNU Lesser General Public License. Da es in Java programmiert wurde, ist es weitgehend plattformunabhängig.[2] Ein Java-Applet von Jmol findet bei der Darstellung von Molekülen im Webbrowser Verwendung.[3] beispielsweise innerhalb der Protein Data Bank.[4] Es implementiert und erweitert die Standards SMILES und SMARTS.[5] Die Software bietet verschiedene Darstellungsmöglichkeiten, wie Stab-, Kugel-Stab- und Kalottenmodell, Punktwolke und Van-der-Waals-Oberfläche.[2] Auch Kristallstrukturen lassen sich darstellen.[6] Vieles kann in Jmol mit der Maus gesteuert werden, beispielsweise lassen sich die Moleküle um alle Raumachsen drehen und in der Größe verändern. Außerdem kann man Atomabstände und Winkel vermessen. Darüber hinaus verfügt Jmol über eine eigene Scriptsprache, die Syntaxelemente von RasMol und MDL Chime geerbt hat.[7]

  1. ↑ Jmol / Version 16.1 / Jmol 16.1.59. (abgerufen am 3. März 2024).
  2. ↑ a b Angel Herraez: Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue. In: Biochemistry and Molecular Biology Education. Band 34, Nr. 4, 2006, ISSN 1470-8175, S. 255–261, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644.
  3. ↑ Egon Willighagen, Miguel Howard: Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D. In: Nature Precedings. 2007, ISSN 1756-0357, S. 1–1, doi:10.1038/npre.2007.50.1.
  4. ↑ Peter W. Rose, Bojan Beran, Chunxiao Bi, Wolfgang F. Bluhm, Dimitris Dimitropoulos, David S. Goodsell, Andreas Prlić, Martha Quesada, Gregory B. Quinn, John D. Westbrook, Jasmine Young, Benjamin Yukich, Christine Zardecki, Helen M. Berman, Philip E. Bourne: The RCSB Protein Data Bank: redesigned web site and web services. In: Nucleic Acids Research. Band 39, suppl_1, 2011, ISSN 0305-1048, S. D392–D401, doi:10.1093/nar/gkq1021.
  5. ↑ Vincent F. Scalfani, Antony J. Williams, Valery Tkachenko, Karen Karapetyan, Alexey Pshenichnov, Robert M. Hanson, Jahred M. Liddie, Jason E. Bara: Programmatic conversion of crystal structures into 3D printable files using Jmol. In: Journal of Cheminformatics. Band 8, Nr. 1, 2016, ISSN 1758-2946, S. 66, doi:10.1186/s13321-016-0181-z, PMID 27933103.
  6. ↑ R. M. Hanson: Jmol – a paradigm shift in crystallographic visualization. In: Journal of Applied Crystallography. Band 43, Nr. 5, 2010, ISSN 0021-8898, S. 1250–1260, doi:10.1107/S0021889810030256.
  7. ↑ Angel Herráez: How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures. Lulu.com, 2008, ISBN 978-1-84799-259-8, S. 9.

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